松本太一録

リアルタイムPCR用のプライマーを設計する時のPrimer3plusの設定

リアルタイムPCR用のプライマーを設計する時のPrimer3plusの設定

日頃からリアルタイムPCRをやっておられる科学者のみなさま、リアルタイムPCR用のプライマーはどうやって準備してますか?僕はタカラバイオ株式会社のPerfect Real Timeサポートシステムで設計済みのプライマーを買うことが多いんですが、調べたい遺伝子の中にはこのシステムに収載されてないものもあります。

そういう時は自分で設計するわけなんですが、その時に使うのがPrimer3plus。このサイトを使っている方は結構多いんじゃないかなと思います。後はNCBIのPrimer-blastあたりでしょうか。僕はまだ使ったことないんですが、今調べようとしてる遺伝子のリアルタイムPCR用プライマーはこっちで作ってみようかと画策中。

Primer3plusでリアルタイムPCRを設計するときの条件とは?

話が逸れてしまいました。Primer3plusは、設定しないといけない項目がたくさんあって、プライマー設計初心者にとってはチンプンカンプンな部分もたくさんあるかと思います。特にリアルタイムPCRに関しては特有の条件がありますからね。

タカラバイオ株式会社が公開している「リアルタイム PCR 実践編- プライマー設計ガイドライン –」にPrimer3plusでリアルタイムPCR用のプライマーを設計するときの条件がまとめられているんですが、それを毎回入力するのは面倒ですよね。といっても入力した後に、その設定は保存できるんですけどね。

設定ファイルのダウンロードと設定方法

リアルタイム PCR 実践編- プライマー設計ガイドライン -をもとに入力して、保存したファイルの直リンクを貼っておくので、ダウンロードして使っていただけると嬉しいです。「そんなもんとっくに作ってるわ!」という方は華麗にスルーしてくださいませ。「リアルタイムPCRやりたいんだけど、周りに相談できる人がいないんだよね・・・」という方はぜひ使ってください!

Primer3plusのリアルタイムPCR用プライマー設計設定ファイル

上のボタンをクリックすると、下図のような画面が開くので、画面右上の「ダウンロード」をクリックしてくださいね!

primer3plus-10
一応、ファイルの読み込み方法を紹介しておきます。

Primer3plus(http://www.bioinformatics.nl/cgi-bin/primer3plus/primer3plus.cgi/)にアクセスして、「General Settings」タブをクリック。

リアルタイムPCR用のプライマーを設計する時のPrimer3plusの設定
画面下部の「ファイルを選択」をクリックして、ダウンロードしたファイルを選択して、「開く」をクリックしてください。

リアルタイムPCR用のプライマーを設計する時のPrimer3plusの設定
リアルタイムPCR用のプライマーを設計する時のPrimer3plusの設定
んで、「Active Settings」をクリックすればOK。

リアルタイムPCR用のプライマーを設計する時のPrimer3plusの設定
下図の赤枠で囲った部分の表示が出れば設定完了です。

リアルタイムPCR用のプライマーを設計する時のPrimer3plusの設定
後は検出したい遺伝子のmRNA配列をNCBIかどこかから持ってくればあっという間にリアルタイムPCR用プライマーの設計ができちゃいます。

いくつか候補が出てきますんで、Tm値の差(3℃以内、1℃以内が望ましい)とか、GC含量(40~60%、45~55%が望ましい)とか考慮して選んでくださいネ!

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